盡管港口整合能帶來如此多的利益，但實際操作中，整合方與被整合方并不是一直站在相同的利益起跑線上，這成為港口業(yè)整合中面臨的一大難題。
　　
　　在大連港對錦州港的收購中，收購方大連港即遭遇這樣的困境。
　　
　　在渤海灣北部區(qū)域，以沈陽為核心的經(jīng)濟圈中，擁有大連、錦州及營口三大港口，而渤海南部的青島港及天津港則是區(qū)域內(nèi)的重量級競爭對手，誰能把握住環(huán)渤海地區(qū)的煤炭、鐵礦石、原油等物資的中轉(zhuǎn)，誰就將在占領(lǐng)區(qū)域資源中占得先機。

在這一背景下，大連港有意著手整合區(qū)域內(nèi)港口資源。
　
　　而錦州港2006年由于外貿(mào)貨源不足，導(dǎo)致其外貿(mào)油品和外貿(mào)糧食貨源量嚴重下滑，主營業(yè)務(wù)收入及利潤同比都有所下降。在發(fā)展方向上，錦州港如果能與大連港結(jié)盟將對其經(jīng)營產(chǎn)生促進作用。
　　
　　“從全局來看，環(huán)渤海灣港口資源的整合有利于整個區(qū)域港口的健康發(fā)展。”大連港集團一位高層此前表示，整合區(qū)域內(nèi)港口的觀點早已得到了遼寧省政府的支持，薄熙來在出任遼寧省省長時曾經(jīng)提出過成立遼寧省港口集團的設(shè)想，由此將省內(nèi)的港口資源整合。但由于各方利益難以協(xié)調(diào)，這一想法最終未能實施。大連港集團副總經(jīng)理盧建民在去年也曾表示，有關(guān)收購錦州港的想法，大連港在決策層面上完全沒有問題。
　　
　　然而，在大連港著手舉牌錦州港后，錦州港方面卻如臨大敵。收購進程由于錦州港的股權(quán)過度分散而擱淺后，錦州港又通過修改公司章程，設(shè)置了諸多條款，加大了收購方對公司的控制難度。
　　
　　盡管在收購擱淺后，大連港方面稱因收購條件并不成熟而放棄收購，但業(yè)界普遍認為，錦州港股東各方利益的不一致是導(dǎo)致此次收購失敗的根本原因。東方集團（600811）作為錦州港的第一大股東，并不愿意輕易讓錦州港的控制權(quán)旁落，大連港想通過收購錦州港第二大股東錦州港國有資產(chǎn)經(jīng)營管理公司所持14.21%股權(quán)再加上二級市場舉牌的方式進行收購，難度頗大，終使這次精心策劃的收購計劃最終流產(chǎn)。
　　
　　錦州港沒有接過大連港拋來的橄欖枝，除了令大連港區(qū)域整合戰(zhàn)略暫停外，更是加大了大連港整合營口港的難度。而如果大連無法整合這兩大港口，其在遼東半島的霸主地位放到環(huán)渤海地區(qū)，就沒有絲毫競爭力了。但就目前來說，兩港整合難度之大，使其無法在短時間內(nèi)取得突破。
　　
　　此外，地方利益問題也是港口業(yè)整合中面臨的另一個難題。分析師表示，幾乎每個中小型港口都有地方政府及地方利益參與其間，每個港口都是當(dāng)?shù)氐摹皩氊惛泶瘛?，對地方的稅收、?jīng)濟拉動都有相當(dāng)?shù)姆至?，跨區(qū)域整合將導(dǎo)致稅收、經(jīng)營控制權(quán)等問題上的矛盾。
　　
　　不過，在經(jīng)濟利益的刺激下、同業(yè)競爭的壓力下，國內(nèi)港口資源的整合已經(jīng)成為勢不可擋的潮流，盡管有著這樣或那樣的阻力，最終將難改歷史發(fā)展的方向。